Региональная структура программы БОМКА в Центральной Азии состоит из регионального офиса в Бишкеке (Кыргызстан) и национальных координаторов в каждой из стран Центральной Азии. Она непосредственно ответственна за планирование, организацию и осуществление всех мероприятий проекта на местах.